演習: インテル® Xeon Phi™ コプロセッサー上の分子動力学 (MD) 計算

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インテル® Xeon Phi™ コプロセッサーへのワークロードの適合性を評価する

この記事は、インテル® デベロッパー・ゾーンに掲載されている「Lab exercise: Molecular Dynamics on Intel® Xeon Phi™ Coprocessor」の日本語参考訳です。


Linux* 向けのこの演習シリーズは、インテル® Xeon Phi™ コプロセッサーへのアプリケーションの移植および最適化の基本について理解するため、分子動力学 (MD) のレナード・ジョーンズ・ポテンシャルを用いて NBody ペアの計算を行う簡単な実装例を紹介します。

各演習では、資料の最後にある「Answer Key」セクションを参照する前に、実際に演習を試してください。

最初に、~/Labs/Scripts/setup をソフトウェアとインテル® MPSS がインストールされている場所に変更する必要があります。

以下は、インテル® Xeon Phi™ コプロセッサーを使用する上で役立つドキュメントのリストです。

各演習で行うことは次のとおりです。

  • 演習 1:

    • インテル® Xeon® プロセッサー (ホスト) で MD コードのシリアル実装を実行する
    • コプロセッサーでシリアル実装をネイティブ実行する
    • シリアル・ホスト・ワークロードの hotspot を見つける
    • OpenMP* でワークロードを並列化する
    • ワークをコプロセッサーへオフロードする
  • 演習 2:
    • インテル® Cilk™ Plus でワークロードを並列化する
    • 共有メモリーモデルによりコプロセッサーへワークをオフロードする
  • 演習 3:
    • ベクトル化レポートを確認する
    • インテル® VTune™ Amplifier XE でアプリケーションをプロファイルする
  • 演習 4:
    • SIMD 対応関数 (旧称: 要素関数) を記述する
    • インテル® Cilk™ Plus 配列表記を使用する

ご質問がある場合は、インテル® Xeon Phi™ コプロセッサーの製品ページおよびコミュニティー・フォーラムを参照してください。

添付ファイル サイズ
shoc-md-exercise-final.tar 2.17MB

コンパイラーの最適化に関する詳細は、最適化に関する注意事項を参照してください。

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